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多组学研究揭示HIV-1感染细胞特征

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发表于 2020-7-30 14:30:30 | 显示全部楼层 |阅读模式
  原标题:多组学研究揭示了体内被HIV-1感染的细胞的特征
  为了消除HIV-1感染,重要的是阐明体内HIV-1感染细胞的详细特征和异质性。在这项研究中,感染了基因修饰的HIV-1的造血干细胞移植的人源化小鼠模型被用于揭示体内产生HIV-1的细胞的多种特征。
  东京大学医学研究所(IMSUT)的一个研究小组使用感染了HIV-1的细胞进行了“多组学”分析,这是最近开发出来的用于全面研究生物样品特征的技术。
  “我们的发现描述了体内产生HIV-1的细胞的多种特征,这可能为开发HIV-1疗法提供了线索。”IMSUT传染病控制系病毒学系统学系副教授(首席研究员)Kei Sato说。这项研究的结果发表在2020年7月14日的《Cell Reports》上。
  研究“HIV-1疗法”
  为了消除HIV-1感染,重要的是深入了解HIV-1感染的体内细胞的广泛特性。
  最近开发的“组学”分析可以成为识别HIV-1感染细胞特征的有力工具。但是,应该指出的是,感染个体中的大多数CD4 + T细胞是未感染的,因此,体内“批量”CD4 + T细胞的转录谱不能反映“纯”HIV-1生产细胞的转录谱。
  多元组学分析可全面揭示体内感染HIV-1的细胞的特征
  在这项研究中,研究小组使用了在体内相对稳定的免疫条件下维持人白细胞生成的人类造血干细胞移植人源化小鼠模型和具有复制能力的报道者HIV-1,并使用了四种最新开发的技术来研究病毒基因组学和转录组学。
  根据研究小组的说法,这项研究包括以下四项分析:
  首先,液滴数字PCR揭示了在感染的人源化小鼠中存在潜在的宿主。其次,如整合位点的表观遗传修饰与病毒产生的关联所表明的那样,连接介导的PCR显示了HIV-1优先整合到开放的染色质区域中。第三,数字RNA测序可定量体内HIV-1产生细胞中病毒转录本的绝对拷贝数,并进一步鉴定出病毒感染和未感染细胞之间差异表达的基因。最后,单细胞RNA测序揭示并表征了体内产生HIV-1的细胞的异质性。
  佐藤副教授强调:“据我们所知,这项研究是描述产生HIV-1的细胞多个方面的第一个研究,也是第一个对HIV-1感染的细胞的体内特征进行的全面研究。”

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